動保法通過12年，台灣流浪動物卻越救越多，在錯誤的動保體制下，12年共有96萬隻狗慘死收容所！空有法律保護的美名，但台灣的動物依然得不到應有的保護，同伴動物遭到虐待、野蠻捕捉、悲慘收容與安樂，而經濟動物與實驗動物更是悽慘有加，最根本的因素是台灣錯誤的動保組織結構使動保業務的運作窒礙難行。目前歐洲多數國家之動保業務，皆有動物福利專責單位。反觀我國，由農委會畜牧處下的動物保護科所職掌，為中央政府組織最低層級，不但經費與人員極缺，亦無法監督指揮地方執行機關，更別談跨部會協調。

        民國100年行政院組織法通過後，在動保團體要求設立動保司的呼聲下，農委會版的「農業部組織條例草案」中，遂將「畜產」與「動保」合併為「畜產及動物保護司」。表面上看來，動保主管機關三級跳，但實際上卻是換湯不換藥：在「畜產及動物保護司」下設立「動物保護科」與「寵物業務科」。換言之，中央的動保主管機關的仍是「科」級單位，且「寵物業務」與「動物保護」的分立將造成「各管各的」但「互不相干」的狀況，這對於寵物業者犬隻販賣的源頭管理大為不利。除此之外，「畜產」考慮經濟效益，而「動保」考量人道水平，二者並置必然產生諸多矛盾與弊端，造成重畜產輕動保的結果。