法令不合時宜、執法難落實
動保行政監督的首要課題就是了解動保的有關法令。「動保行政監督工作坊」第一堂課特別邀請德國符茲堡(Würzburg) 大學法學博士，目前任教於成功大學法律系王毓正教授來主講「動物保護法及野生動物保育法認識」。王教授指出，我國目前跟動保相關的法律主要分為兩大層面：「動物保護」以及「野生動物保育」。在「動物保護」之下所涵蓋的法律有：私人財產保護（民法、刑法、社會秩序維護法）、社會秩序維護（社會秩序維護法、公寓大廈管理條例）以及動物倫理保護（動物保護法）。
在「野生動物保育」之下所涵蓋的法律有：物種保育（野生動物保育法、漁業法）以及棲地環境保育（野生動物保育法、文化資產保存法、國家公園法、漁業法）。從王老師的授課可以初步了解，動保牽扯到的法律層面很廣，很多動保問題其實都有法可管，問題是政府重不重視，執法是否落實。不可否認，很多法律也不合時宜，有全面檢討大修法之必要。
王教授表示：家裡狗狗送養時，務必要跟飼主簽訂切結書。若動物們受到不平等的待遇也可以上法務部的網站透過小額訴訟的管道來替牠們討公道！分享一個案例，教授說某飼主因為在送養時與領養人簽訂切結書，結果領養人放棄領養之後將狗狗送到收容所遭撲殺。狗狗遇難後，原飼主非常生氣，上法務部的網站透過小額訴訟要求向領養人索賠5萬元，最終法官判決領養人應賠2萬元。案例中可知，送養時務必要跟新飼主簽訂切結書。法務部網站有標準流程可以提供給民眾參考。
非營利組織的囚徒困境
《動保行政監督工作坊》邀請台南大學行政管理學系副教授吳宗憲演講「從政府組織架構看台灣動保問題」。吳老師在演講中指出：政府在動保的預算很少，民眾願意捐錢也有限，但動保團體不斷增加，因此動保與政府有效分工是最有效資源利用。但是「囚徒困境」卻抑制了非營利組織監督政府的力道。
老師表示：往往非營利組織都認為自己在做的工作很重要，因此會更積極去爭取更多資源。當政府變成誘因（補助方式對政府的政策執行最快）固定去餵養團體時，每個團體為了爭取更多資源就不會團結，動物保護的進步性就會受到很大的阻力。正因為目前動保行政單位處理動保業務的順序是以補助誘因政策為優先，接著為宣導資訊政策，最後才是公權力管制，而動保管制單位皆處於地方二級單位，多隸屬於農業局之下的某防疫局/處，在農業的經濟考量之下，動物始終被當作物品而無法受到完整的保障。
他認為公民與政府存在著合作策略以及背叛策略，公民在監督政府時常常忽略了「不確定性狀態」的發生，例如政府很認真處理業務，但過程不幸發生意外，將導致民間團體撻伐。他認為民眾應該要體認不確定性狀態的存在，因為環境是會變化的，並試著和政府合作，避免出現賞罰不分明的情形發生，方能使政府與民間都能走在正確的道路上使動保問題得到改善。
動保面臨這樣的困境，吳老師提出幾點建議：將動物保護管制機關集中事權、管制單位應至少提高一級位階，管制單位應克服球員兼裁判、管制單位應增加公正第三者。針對以上幾點建議，解決問題唯有藉由組織再造、成立獨立的動物保護司或更高層級單位，才能使台灣的動保問題根本解決。最後補充:本段演說的重点是希望NG0能合作向政府及民眾爭取更多动保資源，並無批評政府利用矛盾分配不公之意，同學們別誤會。