在動保行政體制內，台灣主管動物保護的最高機關，隸屬於農委會下畜牧處的動保科，因此長期存在「畜產/動保不分家」的狀況。基於「畜產重視經濟價值，是實作的業務單位，但動物保護機制的設計，理應扮演監督者的角色，兩者性質不同」之故，關懷生命協會主張要有獨立「動保司」。
在動保行政體制內，台灣主管動物保護的最高機關，隸屬於農委會下畜牧處的動保科，因此長期存在「畜產/動保不分家」的狀況。根據關懷生命協會諮詢委員吳宗憲教授的文章〈為何主張要成立動保司〉（2011），從「組織結構」的角度來說，這帶來三大問題：(1) 「動保畜產不分家，就是球員兼裁判」（畜產重視經濟價值，是實作的業務單位，但動物保護機制的設計，理應扮演監督者的角色，兩者性質不同，不應放在一司內。）；(2) 「非成立司，人力不足以因應越來越複雜的業務」（動保科的正職人員大約六到七位）；(3) 「位階不夠高，無法協調其他單位，造成現在行政力不足問題」。
2012年政府組織再造時，曾有計畫將農委會升格為農業部，並成立「畜產及動物保護司」（但後來組織再造暫緩，因此尚未升格）。在此組織再造的契機下，2011年動保界開始聯合起來要求「畜產」與「動保」分開權責。
為了催生「動物保護司」，健全動保體制，關懷生命協會展開了一系列的行動。
◆ 2011年8月，關懷生命協會與其他團體，包括貓狗人共和國、台北市愛兔協會、大學動保社團連線、高雄市關懷流浪動物協會、台南市流浪動物研究協等，共組「催生動保司行動聯盟」，由名作家朱天心擔任聯盟召集人。聯盟於中元節前夕，前往農委會門口以「錯誤體制殘害動物祭獸魂法會」批判公立收容所，並要求2012年上路的新政府設立獨立的動保司。然而農委會畜牧處許桂森處長的回應是「動保業務有沒有這麼多？」，「執行單位仍是在地方」，認為沒有成立動保司的必要。（參見關懷生命協會，〈推動專責動保司大事記〉，2012/07/13、黃芷嫻，〈台灣動物保護原地踏步 動保團體要求成立專責動保司〉，2012/07/13）
◆ 2011年9月14日，「催生動保司行動聯盟」舉行記者會，發起「十萬張寫給馬總統的明信片 要求一個動保司」簽名活動，現場除了聯盟發起人朱天心、知名導演侯孝賢與立法委員丁守中，「大學動保社團連線」的成員也積極參與意見表達。10月間，聯盟代表到總統府遞交催生動保司的七萬多份明信片與陳情書，20日總統府來函表示將成立「專責動保司」移請行政院研處。（參見關懷生命協會，〈推動專責動保司大事記〉，2012/07/13）
◆ 2011年11月間，民進黨總統候選人蔡英文，以及總統馬英九（國民黨總統候選人），分別與聯盟代表會談。根據代表民間參與會談的吳宗憲教授的文章，「兩位候選人卻幾乎採取一致的基調，認為動物保護問題出在普羅大眾的觀念還未成熟，不同團體間動保觀念的歧異還需磨合，只願意提高未來動物保護的預算，但是對於動物保護司，還需要從長計議。」（參見吳宗憲，〈為何動物保護司變成兩黨的不可承受之重？〉，2012/11/27）
◆2012年1月，為了監督政府落實動物保護法規，關懷生命協會在邁向二十週年之際，邀集不同領域學者、公民團體與宗教等組織成立了「動物保護行政監督委員會」，聘請何宗勳擔任執行長。五大訴求為動物福祉、組織再造、公開透明、公民參與、課責機制。（參見關懷生命協會，〈關懷生命協會 動物保護行政監督委員會 成立〉，2013/03/26、何宗勳，〈邁向公民社會的動物保護運動──以收容所零安樂死政策監督為例〉，2014）
◆ 2012年5月間，立法院審查農業部組織法，另立委黃昭順亦提設立動保司法案。催生動保司行動聯盟、關懷生命協會、動物保護行政監督委員會，當天於立法院外召開「關鍵時刻－催生專責動物保護司」記者會，會中邀請立委丁守中、林岱樺、張曉風、陳學聖、田秋堇跨黨派多位議員，知名作家朱天心、駱以軍、生殤像影像工作者杜韻飛、台南大學行政管理系教授吳宗憲老師，與台灣動物協會理事長lisa 出席記者會現場。審查會議中因多位立委關心，使得農委會版的「畜產及動物保護司」被擱置未審。
◆ 2012年5月16日，動保司行動聯盟發起人朱天心、關懷生命協會執行長張章得，與動保行政監督委員會執行長何宗勳，一同前往拜訪立法委員丁守中討論動保司的推動流程，並由丁委員邀請農委會主委陳保基前來說明，陳主委除了表示盡快約期與動保團體會商外，並表示有五年30億動保經費預算方案。（參見關懷生命協會，〈推動專責動保司大事記〉，2012/07/13）
◆ 2012年6月5日，動保行政監督委員會執行長何宗勳，於全國氣候變遷會議發言呼籲「畜產與動保分家，成立獨立《動物保護司》」。該提案於6日被列入第二群組報告，由主婦聯盟董事長陳曼麗向總統建言。馬總統聽取建言後，當場指示農委會主委陳保基儘速與動保團體溝通。會後，何執行長也向農委會主委陳保基表達關切，陳主委當場承諾儘速與動保團體展開對話。（參見關懷生命協會，〈推動專責動保司大事記〉，2012/07/13）
◆ 2012年10月15日，關懷生命協會副理事長、動督會執行長何宗勳、催生動保司行動聯盟召集人朱天心、貓狗人共和會理事長黃泰山等人，再次拜會丁守中委員討論農委會成立動保會之事。10月24日與31日分別召開「催生動保司行動聯盟」會議，商討動保會組織架構討論會議。（參見何宗勳，〈邁向公民社會的動物保護運動──以收容所零安樂死政策監督為例〉，2014）
◆ 2012年12月18日，在立法院丁守中委員安排下，「動督會」副召集人張章得、執行長何宗勳、催生動保司行動聯盟發起人朱天心、動物社會研究會執行長朱增宏及台灣貓狗人協會理事長黃泰山等動物保護人士就未來農業部應成立「動物保護司」的訴求與農委會主委陳保基見面，農委會對此具體回應表示，可望成立一級單位「動物保護委員會」，將動物保護業務與畜產業務分開，該會與「司」同等級，同時由農業部長擔任召集人，並廣邀專家學者及動保團體參與決策。在2014年1月10日馬英九總統接見「動督會」等動保團體時，也公開表示：農委會未來成立農業部，規劃常設性的動物保護會，並由部長擔任召集人。（參見何宗勳，〈邁向公民社會的動物保護運動──以收容所零安樂死政策監督為例〉，2014）然而，農委會升級為農業部一事後來因故暫停。（參見曾韋禎，〈組改7年仍卡關只好「認賠殺出」 再延2年至2020年〉，2017年12月8日）
◆ 2018年4月14日，關懷生命協會在立法院主辦第15屆全國NGOs環境會議「永續台灣，全民行動」。會議結束後隔日，關懷生命協會理事長張章得隨即與台灣公民參與協會、台灣再生能源推動聯盟、中華民國野鳥學會、海龍王愛地球協會、公民監督國會聯盟、荒野保護協會、台灣千里步道協會、桃園在地聯盟、台灣水資源保育聯盟、台灣環境保護聯盟等11名團體代表於官邸拜會蔡英文總統。會中，張章得理事長向蔡總統提出建言，其中包括「於農業部設置3個以上科別的動物保護司」，獲得蔡總統的正面回應，承諾將設置動物保護司。（參見陳珊珊，〈建請設「動物保護司」獲蔡英文總統承諾回應〉，2018年4月17日）
動保司正式成立的時間，就待政府組織再造下的農業部成立之時一併來臨。