鯨鯊自2002年列入CITES附錄二的保護物種以來，台灣因為保育與業界之間達成共識不易，故無法將鯨鯊有關的國際公約「內國法化」為《野生動物保育法》的範圍。如今「海洋保育類野生動物名錄」的修正是建立在「預告未獲反對意見」的基礎上，代表鯨鯊保育意識在台灣民間的全面提升。
經過一段前置作業與預告，海洋委員會終於在109年4月28日公告修正「海洋保育類野生動物名錄」，自109年6月1日起生效，其新增了國內海洋物種鯨鯊(豆腐鯊)及鬼蝠魟屬(雙吻前口蝠鱝、阿氏前口蝠鱝)3種列為「瀕臨絕種野生動物」，並調整名錄中海洋哺乳類及海洋爬蟲類呈現方式。
根據海洋保育署的新聞稿，「鯨鯊及鬼蝠魟屬(雙吻前口蝠鱝、阿氏前口蝠鱝)等大型海洋軟骨魚類，在維持海洋生態系食物階層平衡有其重要性。我國分別在97年及107年公告全面禁止捕撈鯨鯊及鬼蝠魟屬，且先前辦理海洋保育類野生動物名錄新增鯨鯊及鬼蝠魟屬(雙吻前口蝠鱝、阿氏前口蝠鱝)之預告，未接獲反對意見。因此，就鯨鯊及鬼蝠魟屬(雙吻前口蝠鱝、阿氏前口蝠鱝)等大型海洋軟骨魚類進行保育，以維護其族群資源量，已在產業及全民間達成共識。」
在國際上，鯨鯊已於2002年的華盛頓公約組織第12屆大會中被決議列入《瀕臨絕種野生動植物國際貿易公約》（Convention on International Trade in Endangered Species of Wild Fauna and Flora, CITES）附錄二（Appendix Π）物種，屬於「族群數量稀少須有效管制」的對象。當時台灣還在捕捉、食用並且活體出口鯨鯊，雖然自2002年開始實施鯨鯊總量管制，但是保育觀念並未在產業及全民間達成共識，所以並不足以遏阻瀕臨的威脅，因此民間團體主張將鯨鯊列為保育類動物。而後，農委會在2008年與2018年分別公告全面禁捕鯨鯊，但鯨鯊依然並非保育類動物。如今，海委會公告把鯨鯊納入台灣瀕臨絕種保育類野生動物，使其可受到《野生動物保育法》對「保育類」的規定，在未經許可下「不得騷擾、虐待、獵捕、宰殺、買賣、陳列、展示、持有、輸入、輸出或飼養、繁殖及其他利用」。
本會在2006年曾提出的鯨鯊保育訴求「籲請政府全面禁捕鯨鯊並列為保育類動物」已經實現，希望鯨鯊列入保育類後能落實保護，降低其生存危機。
