提升動物福利 民間催生專責動保司
許多流浪動物一批一批的送進公立收容所，卻再也沒有出來過，這些生命像垃圾一樣被丟棄，只因為收容所沒有空間。
而政府將經費花在撲殺流浪動物後，也已經沒有餘力去改善收容所環境，或是源頭管制流浪動物數目，因此只能依靠後端的撲殺手段，去解決流浪動物問題。
畜產動保不分家 預算人力都缺乏
造成這種結果的其中一個原因，就在於目前管理動保事務的中央主管機關，僅是安插在畜牧處底下的「動保科」，部門裡也只有不到10位的正職員工，而全台灣17個鄉鎮只有13位動保員，這些動保員還得身兼行政職，人手嚴重不足。加上經費上分配不均，「一年約5千7百萬的預算，大約只有畜產業務的1/9，還得分給全國各縣市使用。」更不用說錢都花在宣傳、辦活動，即使近年來部份預算撥去改善收容所環境，但效果仍有限。
以流浪狗為例，當沒有足夠的人力與資源去進行流浪動物節育時，一年2次生產期的流浪狗，可能增加10隻以上的小狗，增生速度遠超過政府捕捉的速度。而被捕捉的流浪狗，也只會不斷塞滿公立收容所的鐵籠。
更何況目前沒有正常的送養制度，流浪狗多半「只進不出」，為了容納更多流浪狗，只能選擇大量撲殺，但執行撲殺制度多年來，仍無法解決流浪動物的問題。
重畜產輕動保 同伴動物不受保護
而整體的制度結構安排更是令人不解。「動物保護科」被擺放在掌管經濟動物的「畜牧處」底下，「保護」動物的理念與把動物視為「食品」、「商品」的畜牧處根本格格不入，也讓動保科的設立顯得自相矛盾。關懷生命協會辦公室主任林憶珊陳述，「過去還曾經發生因為畜產、動保不分家，而主管機關重畜產輕動保，將動保費用花在肉品產業發展上。」
中華民國保護動物協會祕長書黃慶榮表示，畜產的經濟效益與動物保護二者之間在觀念上是有衝突的，以現況來看，「動保科在畜牧處底下，動保科人員又怎麼敢為了動物保護的業務和畜牧的上司有所爭執呢？」一直以來，動保工作在執行上受到很大的打壓，首當其衝的就是人力與物力的壓縮。黃慶榮指出，當動保和畜產發生衝突時，提升畜產經濟為主的思維模式將使動保經費大受限制，而畜產動保不分家，整個畜產及動物保護司在人員配置上也會向畜牧靠攏，犧牲動保。黃慶榮認為，不論是從經濟動物的福利提升、經費與人力編制、社會動保觀念的提升這幾個面向上考量，都有必要成立專責的動物保護司。
這種狀況令許多關心動物福利的人，包括「催生動保司行動聯盟」召集人朱天心在內，都忍不住質疑，將動保與畜產放在一起，不是政府精神分裂，就是根本在敷衍動保團體。關懷生命協會常務理事林雅哲直言，畜產管的是使用動物，根本不懂如何對待個別的動物。而思維上的歧異，也決定了動保事務難以推廣的命運。
以兔子為例，由於兔肉被視為經濟商品，但兔子同時也是同伴動物，然而農委會只輔導賣兔肉的農家，卻漠視兔子身為同伴動物的權利。愛兔協會秘書長吳盈瑾嘗試與政府溝通，卻得到「兔子是用來吃的，不歸動保單位管」的回應。
催生動保司行動聯盟表示應成立專責動保司，透過組織編制的擴大，由相關領域（畜牧、獸醫、動物行為心理專家、生物專家、業者、警察單位、民間動保團體）同時又兼具動物福利理念的專才組成，積極謀求各種動物福祉，不侷限於虐貓虐狗或流浪動物事件。有國內學者也表示，畜牧科系畢業的學生不一定要投進畜牧產業，可選擇就職於動保的公職以及各縣市的動保員。費昌勇教授在一篇文章中呼籲，政府應將動物福利納入高考職系，使其成為一個行業，吸收更多菁英參與，將動物保護之正確觀念深化到社會各層面。
升格農業部 動保思維仍落後
明年農委會即將升格農業部，動保團體也殷殷期盼農業部底下可以分設獨立的動保司。但根據目前農業部組織規劃，未來農業部將下轄七個獨立的「司」，而動保相關事務，則是分配在「畜產及動物保護司」，且底下僅有「寵物業務科」與「動物保護科」處理動保相關事務。換句話說，畜產與動保仍然被混為一談。
政府推動保 只做半套
即使民間動保團體聯手組成「催生動保司行動聯盟」，要求農委會增列獨立動保司，以專責的人力和資源處理動保業務，現任的畜牧處處長許桂森仍然強硬表示，畜產及動保司屬於二級政府機關，在制度上已經與英國相仿。他認為畜產及動保合併，並沒有相互扞格的問題。
這樣的說法讓動保團體忍不住嘲諷，台灣制度只學了國外的一半。「貓狗人共和國」召集人黃泰山直言，英國2007年修法後，已將動保單位升格為「部」的層級，同時納入民間團體與畜產單位，成為一個橫向連結的網狀機構，早已超越「單一部門」的設計。
台灣動物社會研究會執行長朱增宏也強調，英國動保法令已經實施了200多年，內涵遠超過台灣，近期更將動物保護法修改為「動物福利法」，強調對動物福利的保障。而晚了國外幾十年的台灣，在動保法實施了12年後，卻仍然沒有培養出適當的「動保思維」。民意代表中，首先站出來支持成立專責動物保護司的立法委員丁守中表示，「要聯合起來改變這個不合理的制度，讓我們的動保與世界先進國家接軌。」
動物是人類社會中，無法自行發聲、也無法握有權力的弱勢，「對待動物的態度，決定了我們對待弱勢的態度。」朱天心說，以尊重的態度去面對生命，才能教導下一代用正確的方式去對待其他生命。「否則我們會習慣以撲殺的方式去面對社會的弱勢族群，今天或許是貓、狗，明天則可能是老人等族群。」