過去因台灣穿山甲皮革加工的影響使穿山甲大量被捕獲，1950-1970 年每年估計約 6 萬隻穿山甲被獵殺。另外，與犀牛角和龜甲一樣，因食補迷信，宣稱穿山甲鱗片具有傳統中藥的醫療價值，在大量發法盜獵及走私情況下，造成野外族群急遽下降。在人稠密的嘉南及宜蘭平原，穿山甲已近絕跡。近年來雖獵捕壓力已減少，但棲息地普遍遭到開發墾植，族群仍稀少，且族群可能呈不連續分布。
穿山甲所面臨的威脅是包含棲地因都市化而被破壞、被野狗咬傷、被捕獸鋏夾傷、受困漁網、傳統中藥需求引起的非法盜獵及走私、皮革需求等等。在台灣，尤其以捕獸鋏的傷害比例最高且受傷程度也最為嚴重，被獸鋏夾傷的穿山甲常需要的療養傷口才能癒合。
